4000 Hauptgruppen der Mutationen

Wenn sie gegen Corona geimpft sind, wissen sie gegen welche der fast 4000 Hauptgruppen?

https://nextstrain.org/ncov/global Übersetzt mit deepl.com

Genomische Epidemiologie neuartiger Coronaviren – Globale Teilstichproben
Erstellt mit nextstrain/ncov. Betreut durch das Nextstrain-Team. Ermöglicht durch Daten von GISAID

Zeigt 3905 von 3905 Genomen, die zwischen Dez 2019 und Jun 2021 beprobt wurden.

Die gesammelten Nextstrain SARS-CoV-2 Ressourcen sind unter nextstrain.org/sars-cov-2 verfügbar. Folgen Sie @nextstrain für kontinuierliche Daten-Updates.

Diese Phylogenie zeigt die evolutionären Beziehungen der SARS-CoV-2-Viren aus der laufenden COVID-19-Pandemie. Obwohl die genetischen Beziehungen zwischen den untersuchten Viren recht eindeutig sind, gibt es erhebliche Unsicherheiten bei den Schätzungen der spezifischen Übertragungsdaten und bei der Rekonstruktion der geografischen Verbreitung. Bitte beachten Sie, dass bestimmte abgeleitete geografische Übertragungsmuster und zeitliche Schätzungen nur eine Hypothese darstellen.

Es sind Hunderttausende von vollständigen SARS-CoV-2-Genomen verfügbar und diese Zahl steigt täglich an. Diese Visualisierung kann aus Gründen der Performance und der Lesbarkeit nur ~3000 Genome in einer einzigen Ansicht verarbeiten. Aus diesem Grund nehmen wir für diese Analyseansichten eine Unterauswahl der verfügbaren Genomdaten vor. Unsere primäre globale Analyse nimmt eine Unterauswahl von ~600 Genomen pro Kontinentalregion vor, wobei ~400 aus den letzten 4 Monaten und ~200 aus der Zeit davor stammen. Dies führt zu einer gleichmäßigeren globalen Sequenzverteilung, verbirgt aber verfügbare Proben aus Regionen, die viele Sequenzierungen durchführen. Um dies abzumildern, haben wir separate Analysen eingerichtet, die sich auf bestimmte Regionen konzentrieren. Sie sind über das Dropdown-Menü „Dataset“ auf der linken Seite oder durch Anklicken der folgenden Links verfügbar: Afrika, Asien, Europa, Nordamerika, Ozeanien und Südamerika.

Die Standortnummerierung und Genomstruktur verwendet Wuhan-Hu-1/2019 als Referenz. Die Phylogenie ist relativ zu frühen Proben aus Wuhan verwurzelt. Die zeitliche Auflösung geht von einer Nukleotid-Substitutionsrate von 8 × 10^-4 Subs pro Site und Jahr aus. Alle Details zur bioinformatischen Verarbeitung finden Sie hier.

Wir bedanken uns bei den Autoren, den Ursprungslabors und den einreichenden Labors für die genetische Sequenz und die Metadaten, die über GISAID zur Verfügung gestellt wurden und auf denen diese Forschung basiert. Eine vollständige Auflistung aller ursprünglichen und einreichenden Laboratorien finden Sie unten. Eine Zuordnungstabelle ist verfügbar, wenn Sie unten auf der Seite auf „Download Data“ und dann im daraufhin angezeigten Dialogfeld auf „Strain Metadata“ klicken.

https://nextstrain.org/ncov/global

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